Difrakcijski intenziteti i korištenje novih izvora zračenja; simetrija difrakcijske slike i određivanje prostorne grupe; račun strukturnih amplituda-korekcije mjerenih intenziteta: pogreške mjerenja, polarizacijski i Lorentzov faktor, temperaturni faktor, korekcija intenziteta uslijed nestabilnosti uzorka, apsorpcija; Fourierove transformacije u kristalografiji: teorija, algoritmi i primjena; strukturni faktor i strukturna amplituda; intenziteti i njihove funkcije raspodjele za centrosimetrične i necentrosimetrične kristale; Wilsonova statistika-računanje zajedničkog temperaturnog faktora i faktora skale; jedinični i normirani strukturni faktori; recipročni prostor u strukturnoj analizi; postupci za određivanje faze strukturnog faktora-direktne metode temeljene na algebarskim metodama i teoriji vjerojatnosti; vektorske metode za određivanje faza strukturnih faktora-Pattersonova funkcija te Harkerove linije i ravnine; izomorfna zamjena-ednostruka (SIR) i višestruka (MIR), Rossmannova metoda, translacijske i rotacijske funkcije; anomalno raspršenje-komplementarni pristup u određivanju faza strukturnih faktora i određivanje apsolutne konfiguracije i konformacije molekula; Fourierova sinteza, mape elektronske gustoće i određivanje strukture molekule; metode utočnjavanja strukture: postupak najmanjih kvadrata-korištenje stereokemijskih ograničenja i molekulske dinamike; Fourierova analiza-modificirane mape elektronske gustoće: uporaba kvadratnih funkcija, druge nelinearne funkcije usmjerene k poboljšanju razlučivanja mapa elektronske gustoće (ublažavanje efekta otapala, postupak usrednjavanja pri pojavi nekristalografske simetrije); numerički i grafički postupci za prikaz molekulske i kristalne strukture spoja-račun molekulske geometrije, vrednovanje strukture i interpretacija, kristalografske datoteke, trodimenzijski prikaz građe molekula i njihovo slaganje u kristalu; računalska grafika.
RAZVIJANJE OPĆIH I SPECIFIČNIH KOMPETENCIJA: Temeljna znanja iz roentgenske strukturne analize neophodna za istraživački rad
OBLICI PROVOĐENJA NASTAVE I NAČIN PROVJERAVANJA ZNANJA: predavanja, konsultacije, seminari
|
- OBVEZNA LITERATURA:
C. Giacovazzo: Fundamentals od Crystallography, Oxford University Press, Oxford 1992.
G. M. Sheldrick, C. Kruger, R. Godard (ur.): Crystallographic Computing 3: Data Collection, Structure Determination, Proteins and Databases, Clarendon Press, Oxford 1985.
U. Shmueli (ur.): International Tables for Crystallography, vol. B, International Union of Crystallography, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht 1993.
A. C. J. Wilson (ur.): International Tables for Crystallography, vol. C, International Union of Crystallography, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht 1995.
J. Drenth: Principles of Protein Crystallography, Springer, Heidelberg 1994.
D. E. McRee: Practical Protein Crystallography, Academic Press, London 1993.
T. L. Blundell, L. N. Johnson: Protein Crystallography, Academic Press, London 1976.
C. Giacovazzo: Direct Methods in Crystallography, Academic Press, New York 1980.
M. F. C. Ladd, R. A. Palmer: Theory and Practice of Direct Methods in Crystallography, Plenum Press, New York 1980.
D. Blow: Outline of Crystallography for Biologist, Oxford University Press, Oxford 2002.
A. McPherson: Introduction to Macromolecular Crystallography, Wiley-Liss, Hoboken, New Jersey 2003.
A.M. Lesk: Introduction to protein architecture, Oxford University Press, Oxford 2001.
P.E. Bourne, H. Weissig, Edt. Structural Bioinformatics, Wiley-Liss, New York 2003.
- DOPUNSKA LITERATURA:
revijalni članci i znanstvene monografije
|
Pristupačnost
