prof. dr. sc. Branimir Bertoša

Nastava

prijediplomski

• Matematičke metode u kemiji 2 (41013) - Nositelj, Seminar
• Računalni praktikum 1 (38181) - Nositelj
• Računalni praktikum 2 (38190) - Nositelj
• Završni ispit (43604) - Seminar

diplomski

• Molekularna biofizika (44406) - Nositelj, Vježbe u praktikumu, Seminar
• Molekularna biofizika (198313) - Nositelj
• Strukturna računalna biofizika (60217) - Nositelj
• Strukturna računalna biofizika (198314) - Nositelj
• Diplomski rad (72882) - Laboratorijske vježbe
• Diplomski rad (72927) - Laboratorijske vježbe
• Diplomski rad (72928) - Laboratorijske vježbe
• Viši praktikum fizikalne kemije 1 (44042) - Vježbe u praktikumu
• Viši praktikum fizikalne kemije 2 (44049) - Vježbe u praktikumu
• Diplomski rad (158329) - Seminar

doktorski

• Bioenergetika (223930) - Nositelj
• Kemijski seminar I (152786) - Seminar

Životopis

Branimir Bertoša diplomirao je 2001. godine na Zavodu za fizikalnu kemiju Kemijskog odsjeka PMF-a pod mentorstvom prof. dr. sc. Vladimira Simeona. Doktorirao je 2007. godine na Kemijskom odsjeku PMF-a. Doktorsku disertaciju pod naslovom "Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1" izradio je na IRB-u pod mentorstvom dr. sc. Sanje Tomić.

U razdoblju od lipnja 2008. do lipnja 2009. godine bio je na jednogodišnjem poslijedoktorskom usavršavanju na "International School for Advanced Studies (SISSA)", Trst, Italija. Tijekom izrade doktorske disertacije u nekoliko navrata boravio je u inozemstvu. U razdoblju od 2001. godine do 2012. godine bio je zaposlen na Institutu "Ruđer Bošković" u Laboratoriju za kemijsku i biološku kristalografiju Zavoda za fizičku kemiju. Od  2012. godine zaposlen je na Zavodu za fizikalnu kemiju Kemijskog odsjeka PMF-a.

Nositelj je kolegija na preddiplomskom, diplomskom i doktorskom studiju. Autor je dva sveučilišna nastavna priručnika (skripta) recenzirana i odobrena od strane Kemijskog odsjeka PMF-a. Vodio je 16 završnih i 17 diplomskih radova. Od 2022. godine voditelj je Doktorskog studija Kemija na PMF-u. Od 2020. godine je član, a od 2022. godine predsjednik Stegovnog povjerenstva PMF-a. Od 2018. godine je mentor hrvatske nacionalne ekipe na Međunarodnoj olimpijadi iz kemije. Predstavnik je HKD-a u Sekciji za računalnu i teorijsku kemiju EuChemS-a.

Znanstveni interes usmjeren je na istraživanje biološki značajnih sustava korištenjem računalnih metoda, pri čemu se njeguje interdisciplinarni pristup te se isti sustavi istražuju i eksperimentalnim metodama od strane suradnika.

Svoj znanstveni rad prezentirao je putem 48 publikacija u časopisima s međunarodnom recenzijom koje indeksiraju baze podataka WoS i Scopus te putem pozvanih predavanja, usmenih i posterskih priopćenja na  četrdesetak međunarodnih konferencija. Prosječni faktor utjecaja (impact factor) časopisa u kojima su objavljene znanstvene publikacije iznosi 5,0. Publikacije su citirane preko 600 puta.

Dobitnik je Godišnje nagrade "Društva sveučilišnih nastavnika i drugih znanstvenika u Zagrebu" za mlade znanstvenike i umjetnike za 2008. godinu

Objavljeni radovi u Hrvatskoj znanstvenoj bibliografiji

Pretraži Hrvatsku znanstvenu bibliografiju – CRORIS

Izabrane publikacije

1. M. Kožić, B. Bertoša, Trajectory maps: molecular dynamics visualization and analysis, NAR genom. bioinform. 6 (2024) 1-8.
2. K. Radman, Z. Jelić Matošević, D. Žilić, I. Crnolatac, N. Bregović, M. Kveder, I. Piantanida, P. A. Fernandes, I. Leščić Ašler, B. Bertoša, Structural and dynamical changes of the Streptococcus gordonii metalloregulatory ScaR protein induced by Mn2+ ion binding, Int. J. Biol. Macromol. 253 (2023) 127572.
3. R. J. Lever, E. Simmons, R. Gamble-Milner, R. J. Buckley, C. Harrison, A. J. Parkes, L. Mitchell, J. A. Gausden, S. Škulj, B. Bertoša, E. L. Bolt, T. Allers, Archaeal Hel308 suppresses recombination through a catal ytic s witch that controls DNA annealing, Nucleic Acids Research, (2023) 51 (16), 8563-8574  
4. D. Kuťák, L. Melo, F. Schroeder, Z. Jelić-Matošević, N. Mutter, B. Bertoša, I. Barišić, CATANA: an online modelling environment for proteins and nucleic acid nanostructures. Nucleic Acids Research  (2022)
5. S. Škulj, A. Barišić, N. Mutter, O. Spadiut, I. Barišić, B. Bertoša, Effect of N-glycosylation on horseradish peroxidase structural and dynamical properties, Computational and Structural Biotechnology Journal 20 (2022) 3096–3105.

Izabrani projekti

Trenutno je voditelj dva znanstveno-istraživačka projekta:

• "MIcrobe-synthesised DNA NAnostructures for DIsplay-controlled Storage Cartridges  (MI-DNA DISC)" u okviru programa Horizon, ukupna sredstva projekta:  4 000 000 EUR, sredstva za Sveučilište u Zagrebu: 500 000 €, projekt financiran sredstvima Europske unije.
• "Manganovi metalosenzori" (IP-2020-02-3446), HRZZ projekt, početak projekta 1. 2. 2021., vrijednost projekta: 128 000 €.
•  "MARILIA", HORIZON 2020, ukupna sredstva projekta: 2 000 000 €, sredstva za Sveučilište u Zagrebu: 195 000 €, projekt financiran sredstvima Europske unije, trajanje projekta: 1. 9. 2020. – 28. 2. 2023.

Voditelj je dva stručna projekta u suradnji s industrijom (Xellia d.o.o). Bio je voditelj projekata: "Supstratni promiskuitet bakterijskih SGNH hidrolaza" financiranog od strane Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti (2012.–2013.) i bilateralnog znanstvenog projekta između Republike Hrvatske i Savezne Republike Njemačke "Biocatalysis of bacterial hydrolases of the GDSL–superfamily studied by a multidisciplinary approach" (2012.–2013.) Trenutno je suradnik na HRZZ projektu "Koordinacijske reakcije makrocikličkih liganada u otopini". Bio je suradnik na 11 znanstvenih projekata, uključujući i FP6 projekt "Reinforcement of the Centre for Computational Solutions in the Life Sciences".

Povijest zaposlenja

2001.–2012.   Institut "Ruđer Bošković", znanstveni suradnik (2009.–2012.), viši asistent /znanstveni novak (2007.–2009.), asistent/znanstveni novak (2001.–2007.), Zavod za fizičku kemiju, Laboratorij za kemijsku i biološku kristalografiju.

2008.–2009.  "International School for Advanced Studies (SISSA)", poslijedoktorand, Odjel za statističku i biološku fiziku, Trst, Italija.