Anketa

Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!

Repozitorij

Repozitorij je prazan

Bioinformatika

Šifra: 31422
ECTS: 5.0
Nositelji: doc. dr. sc. Pavle Goldstein
Izvođači: doc. dr. sc. Pavle Goldstein - Auditorne vježbe
Engleski jezik:

1,0,0

Nastava se odvija na hrvatskom jeziku u svim svojim elementima, a stranim studentima koji su pridruženi mješovitoj grupi nudi se mogućnost savladavanja predmeta pomoću dodatnih izravnih konzultacija s nastavnikom i asistentima na engleskom jeziku. Pri tome, nastavnik stranog studenta upućuje na odgovarajuću literaturu na engleskom jeziku te mu osigurava mogućnost polaganja predmeta na engleskom jeziku.
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 45
Auditorne vježbe 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
CILJ KOLEGIJA: Cilj kolegija je studente upoznati s osnovnim tehnikama kombinatornog i vjerojatnosnog modeliranja bioloških nizova - modeliranje bioloških familija, filogenetske konstrukcije, gene searching. Naglasak je stavljen na na primijenjene aspekte - algoritamske, računarske i numeričke. U okviru kolegija dan je pregled relevantih bioloških sadržaja.

NASTAVNI SADRŽAJI:
1. Uvod. Biološki procesi, biomolekule - DNA, RNA, proteini. Proteinske mreže i poravnavanje parova nizova. Supstitucijske matrice. Algoritmi za poravnavanje parova nizova.
2. Markovljevi modeli. Skriveni Markovljevi modeli. Viterbijev algoritam i varijante. Profil familije. Gene searching.
3. Baum - Welchova optimizacija. Uvod u filogenetska stabla. Neighbour - joining algoritam.
Literatura:
  1. Biological sequence analysis, R. Durbin et al., CUP, 2001.
  2. Introduction to Biology, D. L. Wilson, Blackwell Science, 2000.
  3. Inferring Phylogenies, J. Felsenstein, Sinauer, 2004.
  4. Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes, M. S. Waterman, Chapman & Hall, 1995.
  5. Statistical Methods in Bioinformatics, W. J. Ewens, G. R. Grant, Springer Verlag, 2001.
Preduvjeti za:
Upis predmeta :
Položen : Elementarna matematika 1
Položen : Linearna algebra 1
Položen : Programiranje 1
3. semestar Ne predaje se
Izborni modul Biologija - Redovni Studij - Matematika

4. semestar
Izborni modul Biologija - Redovni Studij - Matematika
Termini konzultacija:

Obavijesti