Bioinformatika

Osnovni podaci
Detaljne informacije
Nastava
Termini konzultacija

Šifra:	31422
ECTS:	5.0
Nositelji:	doc. dr. sc. Pavle Goldstein - Predavanja
Izvođači:	Matea Čelar, mag. math. - Auditorne vježbe
Engleski jezik: 1,0,0	Nastava se odvija na hrvatskom jeziku u svim svojim elementima, a stranim studentima koji su pridruženi mješovitoj grupi nudi se mogućnost savladavanja predmeta pomoću dodatnih izravnih konzultacija s nastavnikom i asistentima na engleskom jeziku. Pri tome, nastavnik stranog studenta upućuje na odgovarajuću literaturu na engleskom jeziku te mu osigurava mogućnost polaganja predmeta na engleskom jeziku.

Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastave Ukupno

Predavanja 45

Auditorne vježbe 15

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

Opis predmeta:

CILJ KOLEGIJA: Cilj kolegija je studente upoznati s osnovnim tehnikama kombinatornog i vjerojatnosnog modeliranja bioloških nizova - modeliranje bioloških familija, filogenetske konstrukcije, gene searching. Naglasak je stavljen na na primijenjene aspekte - algoritamske, računarske i numeričke. U okviru kolegija dan je pregled relevantih bioloških sadržaja.

NASTAVNI SADRŽAJI:
1. Uvod. Biološki procesi, biomolekule - DNA, RNA, proteini. Proteinske mreže i poravnavanje parova nizova. Supstitucijske matrice. Algoritmi za poravnavanje parova nizova.
2. Markovljevi modeli. Skriveni Markovljevi modeli. Viterbijev algoritam i varijante. Profil familije. Gene searching.
3. Baum - Welchova optimizacija. Uvod u filogenetska stabla. Neighbour - joining algoritam.

Literatura:

R. Durbin et al.: Biological sequence analysis
D. L. Wilson: Introduction to Biology
J. Felsenstein: Inferring Phylogenies
M. S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes
W. J. Ewens, G. R. Grant: Statistical Methods in Bioinformatics

Preduvjeti za:

Upis predmeta :
Položen : Elementarna matematika 1
Položen : Linearna algebra 1
Položen : Programiranje 1

3. semestar

Izborni modul Biologija - Redovni Studij - Matematika

4. semestar

Izborni modul Biologija - Redovni Studij - Matematika

Termini konzultacija:

Matea Čelar, mag. math.:
Petak 13-15h ili po dogovoru
Lokacija: 213/II

SADRŽAJ

Link na stranicu kolegija: https://web.math.pmf.unizg.hr/nastava/bioinformatika/?Bioinformatika_2023

Merlin: https://moodle.srce.hr/2022-2023/course/view.php?id=157790

Obavijesti

Arhiva obavijesti

Anketa

Repozitorij

Bioinformatika

1. komponenta

SADRŽAJ

Obavijesti

PRIRODOSLOVNO-MATEMATIČKI FAKULTET