1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Predavanja	45
Auditorne vježbe	15

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

CILJ KOLEGIJA: Cilj kolegija je studente upoznati s osnovnim tehnikama kombinatornog i vjerojatnosnog modeliranja bioloških nizova - modeliranje bioloških familija, filogenetske konstrukcije, gene searching. Naglasak je stavljen na na primijenjene aspekte - algoritamske, računarske i numeričke. U okviru kolegija dan je pregled relevantih bioloških sadržaja.

NASTAVNI SADRŽAJI:
1. Uvod. Biološki procesi, biomolekule - DNA, RNA, proteini. Proteinske mreže i poravnavanje parova nizova. Supstitucijske matrice. Algoritmi za poravnavanje parova nizova.
2. Markovljevi modeli. Skriveni Markovljevi modeli. Viterbijev algoritam i varijante. Profil familije. Gene searching.
3. Baum - Welchova optimizacija. Uvod u filogenetska stabla. Neighbour - joining algoritam.

1. R. Durbin et al.: Biological sequence analysis
2. D. L. Wilson: Introduction to Biology
3. J. Felsenstein: Inferring Phylogenies
4. M. S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes
5. W. J. Ewens, G. R. Grant: Statistical Methods in Bioinformatics

Upis predmeta :
Položen : Elementarna matematika 1
Položen : Linearna algebra 1
Položen : Programiranje 1

Izborni modul Biologija - Redovni Studij - Matematika

Izborni modul Biologija - Redovni Studij - Matematika