1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Predavanja	45
Auditorne vježbe	15

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

CILJ KOLEGIJA: Cilj kolegija je studente upoznati s osnovnim tehnikama kombinatornog i vjerojatnosnog modeliranja bioloških nizova - modeliranje bioloških familija, filogenetske konstrukcije, gene searching. Naglasak je stavljen na na primijenjene aspekte - algoritamske, računarske i numeričke. U okviru kolegija dan je pregled relevantih bioloških sadržaja.

NASTAVNI SADRŽAJI:
1. Uvod. Biološki procesi, biomolekule - DNA, RNA, proteini. Proteinske mreže i poravnavanje parova nizova. Supstitucijske matrice. Algoritmi za poravnavanje parova nizova.
2. Markovljevi modeli. Skriveni Markovljevi modeli. Viterbijev algoritam i varijante. Profil familije. Gene searching.
3. Baum - Welchova optimizacija. Uvod u filogenetska stabla. Neighbour - joining algoritam.

1. Biological sequence analysis, R. Durbin et al., CUP, 2001.
2. Introduction to Biology, D. L. Wilson, Blackwell Science, 2000.
3. Inferring Phylogenies, J. Felsenstein, Sinauer, 2004.
4. Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes, M. S. Waterman, Chapman & Hall, 1995.
5. Statistical Methods in Bioinformatics, W. J. Ewens, G. R. Grant, Springer Verlag, 2001.

Izborni predmet 2 - Redovni Studij - Matematika; modul: nastavnički