Botanički zavod ima važnu ulogu u nastavi na Biološkom odsjeku PMF-a te sudjeluje u izvođenju nastave na svim prijediplomskim studijima kroz obavezne i izborne kolegije. Obavezni kolegiji studentima pružaju temeljna znanja iz raznih područja botanike te omogućuju razvoj čvrstih osnova i cjelovitog razumijevanja biljnog svijeta. Nastava obuhvaća sistematsku botaniku, morfologiju, anatomiju i fiziologiju bilja, kao i algologiju, oceanografiju i biogeografiju. Kroz širok raspon izbornih kolegija Botanički zavod studentima omogućuje produbljivanje znanja u odabranim područjima botanike i njihovu primjenu u istraživačkom radu. Na taj se način studenti mogu dodatno posvetiti određenoj temi koja ih zanima i usmjeriti prema određenom znanstvenom području. Studenti mogu steći znanja o nomenklaturi i determinaciji biljnih vrsta, kemizmu i ulozi biljnih spojeva te primjeni biljnih organizama u procjeni toksičnosti. Važan dio bioloških istraživanja čine interakcije organizama s drugim organizmima i okolišem, pa studenti mogu steći uvid u funkcioniranje biljaka u stresnim uvjetima, utjecaj štetnih tvari na biljke i cijele ekosustave te ulogu mikroorganizama u ekosustavima. Takav interdisciplinarni pristup omogućuje studentima povezivanje botanike s ekologijom, kemijom i zaštitom okoliša te razvoj znanja primjenjivih u budućem znanstvenom i stručnom radu. Prijediplomski studij studentima omogućuje izgradnju temeljnih znanja i predstavlja početni korak prema daljnjem usmjeravanju u uže područje znanstvenog interesa.

Botanički zavod ima značajnu ulogu u izvođenju nastave na diplomskim studijima Biološkog odsjeka PMFa kroz niz specijaliziranih obaveznih i izbornih kolegija. Diplomski studij nadograđuje temeljna znanja stečena na prijediplomskoj razini te studentima omogućuje dublje razumijevanje biljnih organizama, njihove raznolikosti, funkcionalnih procesa i uloge u ekosustavima, kao i primjenu suvremenih istraživačkih metoda u biologiji. Nastava je usmjerena na razvoj analitičkog i kritičkog mišljenja te osposobljavanje studenata za samostalni znanstveni i stručni rad. Kolegiji Botaničkog zavoda na diplomskoj razini obuhvaćaju širok raspon tematskih područja, uključujući ekologiju bilja, protista i vegetacije, biogeografiju, geobotaniku te proučavanje flore Hrvatske i njezine ugroženosti. Poseban naglasak stavljen je na razumijevanje strukture i funkcioniranja biljaka na molekularnoj, fiziološkoj i ekološkoj razini, kroz kolegije iz molekularne biologije biljaka, filogenije i molekularne sistematike, fiziologije stresa, regulacijskih mehanizama u fotosintezi te učinaka biljnih bioaktivnih tvari i spojeva. Studenti se upoznaju i s primijenjenim aspektima botanike, uključujući invazivne vrste, zaštitu prirode, hortikulturu, primijenjenu algologiju i korištenje GISa u biološkim istraživanjima. Diplomski kolegiji također omogućuju stjecanje praktičnih i metodoloških znanja kroz laboratorijsku stručnu praksu, analizu podataka u biološkim istraživanjima te specijalizirana područja poput palinologije, arheobotanike, ekologije planktona i mikrobne ekologije. Interdisciplinarni pristup nastavi omogućuje povezivanje botanike s ekologijom, molekularnom biologijom, zaštitom okoliša i biotehnološkim primjenama. Diplomski studij studentima pruža priliku za profiliranje znanstvenog interesa te predstavlja ključnu fazu u pripremi za znanstveno-istraživačku karijeru ili rad u primijenjenim biološkim i okolišnim strukama.