Povijest Botaničkog zavoda započinje kontinuiranom nastavom botanike u Zagrebu, još davne akademske godine 1875./76.
Nastava se odvijala u Botaničko-fiziološkom zavodu, kako je prvotno nazvan, koji je tada bio dio Mudroslovnog (Filozofskog) fakulteta. Zavod je bio smješten u zgradi Gornjogradske gimnazije, a već tada je imao i herbarijsku zbirku od 10.000 primjeraka.
Iz tih pretijesnih prostorija Zavod je preseljen u glavnu Sveučilišnu zgradu, današnji Rektorat, a kasnije na Marulićev trg 20.
Botanički vrt je u vrijeme osnutka 1889. godine, zajedno s Botaničko-fiziološkim zavodom pripadao Matematičko-prirodoslovnom odjelu Mudroslovnog fakulteta. Od 1946. godine, osnivanjem Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, Botanički zavod zajedno s Botaničkim vrtom postaje dijelom Biološkog odsjeka. 
Istraživanjima su obuhvaćena sva područja botanike te se proučavaju alge, mahovine i vaskularne biljke na nivou stanice, organizma, zajednice i ekosustava. U Botaničkom zavodu odvija se nastava iz gotovo svih područja botanike koja su uključena u nastavne planove i programe nastavničkih, preddiplomskih i diplomskih studijskih programa biologije, kao i nterdisciplinarnih studija na Biološkom odsjeku. Mnogi članovi zavoda su se profilirali u vodeće hrvatske botaničare, čija se vidljivost ogleda i u objavljivanju radova u kvalitetnim međunarodnim časopisima.

Danas je Botanički zavod smješten na tri lokacije:
Rooseveltov trg 6 - biljna fiziologija, fitoplankton mora, slatkovodne alge 
Marulićev trg 20 - ekologija, vegetacija, geobotanika, arheobotanika i herbarijska zbirka “ Herbarium Croaticum 
Marulićev trg 9A - flora, sistematika, morfologija, anatomija, palinologija, fitokemija, hortikultura, herbarijska zbirka “Ivo and Marija Horvat”.

KONTAKT 

• IAPT

• Planta Europa

• ECNC

• Optima