Ivana Jurić

Obrana će se održati u:

UTORAK, 30. rujan 2025. godine u 15.30 sati

u dvorani ZMB SEMINAR, Biološki odsjek, PMF, Horvatovac 102 a, Zagreb

Disertacija nosi naslov:

Pojavnost i molekularne karakteristike imunosnog sustava CRISPR-Cas izolata bakterije

Klebsiella pneumoniae otpornih i osjetljivih na karbapeneme

Occurrence and molecular characteristics of the CRISPR-Cas immune system in Klebsiella pneumoniae

isolates resistant and susceptible to carbapenems

Povjerenstvo za obranu imenovano je u sastavu:

prof. dr. sc. Mirjana Pavlica, red. prof. u trajnom zvanju, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

izv. prof. dr. sc. Tomislav Ivanković, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

izv. prof. dr. sc. Nadira Duraković, dr. med., KBC Zagreb / Medicinski fakultet, Zagreb

Zamjena: prof.  dr. sc. Olga Gornik Kljaić, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, Zagreb

Mentori:

prof. dr. sc. Ivana Mareković, Medicinski fakultet, Zagreb / KBC Zagreb

prof. dr. sc. Ivana Ivančić-Baće, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Sažetak:

Sustavi CRISPR-Cas pružaju stečenu imunost protiv pokretnih genetskih elemenata, uključujući plazmide koji nose gene otpornosti na antimikrobne lijekove. Sojevi K. pneumoniae otporni na karbapeneme predstavljaju značajnu javnozdravstvenu prijetnju zbog kašnjenja u liječenju i povećane smrtnosti. U ovom se istraživanju proučavao odnos između sustava CRISPR-Cas i višestruke otpornosti na lijekove kod kliničkih izolata K. pneumoniae. Prikupljeno je 400 izolata K. pneumoniae – 200 otpornih na karbapeneme i 200 osjetljivih na karbapeneme. Geni koji kodiraju za karbapenemaze (blaOXA-48, blaNDM-1, blaKPC-2), ključni gen povezan sa sustavom CRISPR, cas1, domaćinski gen rpoB i lokusi CRISPR1-3 dokazani su metodom PCR. Metode PFGE, MLST i analiza razmaknica nakon sekvenciranja provedene su kako bi se utvrdila genetska srodnost izolata. Statistička analiza provedena je pomoću hi-kvadrat i Fisherovog egzaktnog testa. Sustavi CRISPR-Cas otkriveni su u 15.8 % izolata, pri čemu su u 93.3 % tih izolata pronađeni podtipovi I-E i I-E*. Identificirana su dva klonska kompleksa: ST14/15/101 (kod sojeva otpornih na karbepeneme) i ST35 (kod sojeva osjetljivih na karbepeneme). U izolatima otpornima na karbapeneme, gen blaOXA-48 bio je češći u sojevima bez sustava CRISPR-Cas, dok su geni blaNDM-1 i blaKPC-2 bili učestaliji kod sojeva sa sustavom CRISPR-Cas (p < 0.0001). Otpornost na imipenem + relebaktam bila je značajno viša u izolatima bez sustava CRISPR-Cas. Sustavi CRISPR-Cas kod sojeva K. pneumoniae u korelaciji su sa specifičnim profilima gena za karbapenemaze, što upućuje na selektivni pritisak protiv stjecanja gena blaOXA-48. Korelacija između razmaknica lokusa CRISPR i dominantnih klonskih kompleksa poput ST14, ST15 i ST101 kod izolata otpornih na karbapeneme upućuje na to da bi lokusi CRISPR mogli biti vrijedan alat za subtipizaciju nakon metode MLST.